Il revient donc à Descartes d’élaborer une théorie de la connaissance dans laquelle la physique scientifique se justifie : comme nous l’avons vu elle est incompatible avec la vision thomiste et aristotélicienne du monde.
       Descartes ne va pas s’embarrasser dans la réfutation, argument par argument, de l’enseignement de « l’Ecole », « ce à quoi je ne viendrai jamais à bout » écrit-il à propos de la définition de l’homme…et qui vaut pour toute définition. Homme de guerre, comme tout gentil homme, il use d’une véritable stratégie : le doute méthodique lui permet de se débarrasser de toutes les idées reçues, et donc des idées enseignées, sans mentionner Aristote : le philosophe grec est battu par prétérition.
       C’est ainsi que dans le « Discours de la méthode » la première partie se présente comme le procès du savoir de son temps : « J’ai été nourri aux Lettres dès mon enfance, et pour ce qu’on me persuadait que, par leur moyen, on pouvait acquérir une connaissance claire et assurée de tout ce qui est utile à la vie, j’avais un extrême désir de les apprendre. Mais sitôt que j’eus achevé ce cours d’études au bout duquel on a coutume d’être reçu au rang des doctes, je changeais entièrement d’opinion » ; ainsi à peine passé son doctorat, Descartes s’avère déçu : « Car je me trouvais embarrassé de tant de doutes et d’erreurs qu’il me semblait n’avoir fait aucun profit en tâchant de m’instruire sinon que j’avais découvert de plus en plus mon ignorance. Et néanmoins j’étais dans l’une des plus célèbres école de l’Europe où je pensai qu’il devait y avoir de savants hommes , s’il y en avait en aucun endroit de la terre » : c’est donc bien la science de son temps, c'est-à-dire la somme des connaissances qu’il offre, que Descartes critique car « j’y avais appris tout ce que les autres y apprenaient » et même ne s’étant pas contenté des sciences qu’on y enseignait, il avait parcouru des livres de « sciences plus curieuses », les sciences occultes, auxquelles il avait pu avoir accès par la bibliothèque réservée aux professeurs dont son oncle faisait parti ; « je ne voyais point qu’on m’estimât inférieur à mes condisciple », ce que nous pouvons lui accorder ! Ainsi c’est bien le savoir de son temps lui-même qui est en cause et non ses maîtres ou lui-même.
       Il va donc procéder à l’examen critique des diverses disciplines enseignées, et il en fait d’abord un éloge mais qui devient quelque peu grinçant : « la philosophie donne moyen de parler vraisemblablement  de toute chose et se faire admirer des moins savants (…), la jurisprudence, la médecine et les autres Sciences apportent des honneurs et des richesses à ceux qui les cultivent » ! Que sera-ce quand il va, dans un deuxième temps, nuancer ses approbations !
«  J’estimais fort l’éloquence et j’étais amoureux de la poésie, mais je pensais que l’une et l’autre étaient des dons de l’esprit, plutôt que des fruits de l’étude (…) Je révérais notre théologie et prétendais autant qu’aucun autre à gagner le ciel, mais ayant appris comme chose très assurée que le chemin n’en est pas moins ouvert aux plus ignorants qu’aux plus doctes, et que les vérités révélées qui y conduisent sont au dessus de notre intelligence, je n’eusse osé les soumettre à la faiblesse de mes raisonnements (…) Je ne dirai rien de la philosophie, sinon que voyant qu’elle a été cultivée par les plus excellents esprits qui aient vécu depuis plusieurs siècles, et que néanmoins il ne s’y trouve encore aucune chose dont on ne dispute et par conséquent qui ne soit douteuse, je n’avais pas assez de présomption pour espérer d’y rencontrer mieux que les autres, et que considérant combien il peut y avoir de diverses opinions touchant une même matière, qui soient soutenues par des gens doctes, sans qu’il y en puisse avoir jamais plus d’une seule qui soit vraie, je réputais presque pour faux tout ce qui n’était que vraisemblable. Puis pour les autres sciences, d’autant qu’elles empruntent leurs principes de la philosophie, je jugeais qu’on ne pouvait avoir rien bâti qui fût solide sur des fondements si peu fermes ».

       L’énumération des matières d’enseignement permet de comprendre la critique cartésienne : il a, comme ses contemporains été « nourri aux lettres » parce que la science proprement dite n’existe guère exception faite des mathématiques ; la physique scientifique en train de se créer n’est pas objet d’enseignement, la médecine ne repose pas sur la physiologie qui ne peut exister puisqu’il n’y a pas de chimie ; c’est Harvey, médecin du roi d’Angleterre et Descartes qui découvrent en premier la circulation du sang, mais sans chimie comment comprendre son intérêt ? On peut imaginer la médecine de son temps à travers les médecins de Molière, et même dans certains textes de Balzac (voir « La peau de chagrin ») et certaines considérations de Nietzsche. On comprend l’exception que Descartes fait dans sa critique de l’enseignement en faveur des mathématiques : « je me plaisais surtout aux mathématiques à cause de la certitude et de l’évidence de leurs raisons » ; on comprend aussi son regret « pensant qu’elles ne servaient qu’aux arts mécaniques, je m’étonnais de ce que, leurs fondements étant si fermes et si solides, on n’avait rien bâti dessus de plus relevé ». Ce que lui va bâtir sur ces fondements c’est sa méthode et, en fait sa théorie de la connaissance.
                                                                                                               
REMARQUE : à ce point de notre étude il est souhaitable de lire la première Partie du Discours de la Méthode ; cette lecture ne présente pas de grande difficulté et elle permet de se familiariser avec le style de Descartes dont la langue reste très proche de la nôtre ; la lecture de l’auteur est nécessaire pour la connaissance de sa pensée ne soit pas si superficielle qu’elle disparaisse rapidement. On ne connaît pas vraiment un auteur qu’on n’a pas lu, et on perd ce qu’on ne connaît pas vraiment. On pourra donc diviser en deux la lecture de cette séquence concernant le Discours de la Méthode
                                                                                                             

       Nous n’avons point à solliciter les textes car il écrit lui-même en commentant les quatre règles ou « principes » de sa méthode  ( 2ème partie) :  «  Ces longues chaînes de raisons toutes simples et faciles, dont les géomètres ont coutume de se servir pour parvenir à leur plus difficiles démonstrations, m’avaient données occasion de m’imaginer que toutes les choses qui peuvent tomber sous la connaissance des hommes s’entre-suivent en même façon » : les mathématiques, science déductive dans laquelle les propositions sont tirées, par démonstration, de propositions précédentes avérées sont donc, selon Descartes, le modèle de « toutes les choses qui peuvent tomber » dans la connaissance humaine vraie : « pourvu seulement qu’on s’abstienne d’en recevoir aucune pour vraie qui ne le soit, et qu’on garde toujours l’ordre qu’il faut pour les déduire les unes des autres, il n’y en peut avoir de si éloignées auxquelles enfin on ne parvienne, ni de si cachées qu’on ne découvre ». La notion d’ordre est donc essentielle : s’il n’y avait pas de lien logique déductif entre les vérités, on ne pourrait passer ainsi « par degré » d’une vérité à l’autre, en commençant « par les plus simples et les plus aisées à connaître » ; la « méthode », selon l’étymologie, renvoie au Grec « chemin » : on ne peut aller d’un point à un autre sans passer par les étapes intermédiaires. Les mathématiques servent à Descartes de modèle  au sens que les physiciens donnent aujourd’hui à ce mot : il s’agit d’un schéma intellectuel transposé d’un domaine où il a réussi, les mathématiques, dans un autre, la physique.
      
       Or Descartes ne justifie pas cette transposition ; elle est pourtant à la base de sa méthode parce qu’elle est à la base de sa conception du rationnel. C’est manifeste dans son troisième principe : « conduire par ordre mes pensées, en commençant par les objets les plus simples et les plus aisés à connaître, pour monter peu à peu  comme par degré jusqu’à la connaissance des plus composés, et supposant même de l’ordre entre ceux qui ne se précède point les uns les autres » : ainsi il « suppose » de l’ordre comme il « imagine » (voir la citation ci-dessus) que toutes les choses qui peuvent tomber sous la connaissance des s’entre suivent » de la même façon que les propositions mathématiques. Son modèle, il l’a précisé lui-même, est le calcul de la 4e proportionnelle : si a/b = x/c, il est aisé de déterminer x qui a une place dans cet ordre (en appliquant le théorème affirmant que le produit des extrême est égal au produit des moyens)

       Le monde rationnel est donc un monde de vérités qui s’enchaînent si logiquement qu’elles peuvent être tirées les une des autres par démonstration. Le vrai problème est donc alors celui des vérités premières c'est-à-dire celles qui permettent de tirer par démonstration les vérités que l’on peut appeler secondes ; il faut qu’elles soient « données » et donc innées et reconnues vraies par l’esprit, d’où le rôle de la notion d’évidence dans la philosophie cartésienne, et c’est en effet à elle que le premier principe fait appel « ne recevoir jamais aucune chose pour vraie que je ne la connusse évidemment être telle », mais ce principe n’est justifié que dans la 4e partie du Discours de la méthode.

       Dans la 4e partie Descartes reprend sa démarche à partir du doute qui est mené rapidement mais systématiquement ; ce n’est plus une critique de la transmission du savoir comme dans la première partie mais celle des moyens de la connaissance ; il procède en 3 étapes et quasiment en trois phrases qui récusent 1) la fiabilité des sens 2) celle de la raison 3) l’existence même du monde matériel :
« Ainsi, à cause que nos sens nous trompent quelquefois, je voulus supposer qu’il n’y avait aucune chose qui fut telle qu’ils nous la font imaginer, et parce qu’il y a des hommes qui se méprennent en raisonnant même touchant les plus simples matières de géométrie et y font des paralogismes, jugeant que j’étais sujet à faillir 
autant qu’aucun autre, je rejetai comme fausses toutes les raisons que j’avais prises auparavant pour démonstrations, et enfin considérant que toutes les mêmes pensées que nous avons étant éveillés nous peuvent venir aussi quand nous dormons sans qu’il y en ait aucune pour lors qui soit vraie, je me résolu de feindre que toutes les choses qui m’étaient jamais entrées en l’esprit n’étaient non plus vraies que les illusions de mes songes »

       A la suite de cette exécution que reste-t-il qu’on puisse affirmer avec certitude ? L’existence même du sujet qui récuse c'est-à-dire qui pense tout cela :
« Mais aussitôt après je pris garde que, pendant que je voulais ainsi penser que tout était faux, il fallait nécessairement que moi qui le pensais fusse quelque chose, et remarquant que cette vérité : je pense donc je suis, était si ferme et si assurée que toutes les plus extravagantes suppositions des sceptiques n’étaient pas capables de l’ébranler, je jugeai que je pouvais la recevoir sans scrupule pour le premier principe de la philosophie que je cherchais ». Comme on le voit, il s’agit d’une démarche volontariste, mais si Descartes « résolut de feindre », il n’en juge pas moins les suppositions des sceptiques extravagantes ; pourtant leurs arguments, même si on les refusent sont difficiles, si ce n’est impossibles à réfuter : c’est donc comme méthode que Descartes adopte leur attitude pour vérifier s’il n’y a vraiment aucune vérité qui lui résiste ; il ne faut donc pas confondre le doute de Descartes avec le scepticisme de Montaigne.

       L’affirmation du « je pense donc je suis » apparaît donc comme la première vérité découverte par la méthode du doute, celle-là seule qui résiste au doute ; mais comment aller plus loin si on veut justifier la connaissance scientifique ? N’est-on pas, par la démarche elle-même enfermée dans une totale subjectivité qui interdirait, paradoxalement toute connaissance ?
       Descartes n’est pas trop en peine pour sortir de cet embarras : « Après cela je considérai en général ce qui est requis à une proposition pour être vraie et certaine ; car puisque je venais d’en trouver une que je savais être telle, je pensais que je devais aussi savoir en quoi consiste cette certitude. Et ayant remarquer
Qu’il n’y a rien du tout en ceci, je pense donc je suis, qui m’assure que je dis la vérité, sinon que je vois très clairement que pour penser il faut être, je jugeai que je pouvais prendre pour règle générale que les choses que nous concevons fort clairement et fort distinctement sont toutes vraies » …n’était-ce pas déjà ce que supposait la première règle de la méthode ? et il aggrave lui-même les critiques qu’on pourra faire de sa démarche pour trouver n critère certain de vérité lorsqu’il ajoute : « il y a seulement quelque difficulté à bien remarquer quelles sont celles que nous concevons distinctement »

       Quelle déception que cette démarche !  Une mise en question si radicale pour aboutir à un critère tellement subjectif ! On comprend que Descartes l’ait reprise dans « les Méditations Métaphysiques », pour fonder plus fermement la connaissance scientifique.

REMARQUE : à ce stade de notre étude nous invitons  à lire deux textes du Discours de la méthode : la deuxième partie et le début de la quatrième partie jusqu’à « bien remarquer quelles sont celles que nous concevons distinctement. »
      Pourquoi sauter la 3e partie ? elle est dévolue à ce que Descartes appelle « une morale par provision » dont il donne la raison d’être : « afin que je ne demeurasse point irrésolu en mes actions pendant que la raison m’obligerait de l’être en mes jugements » ; on peut suspendre ses jugements tant qu’on est dans le domaine de la spéculation pure, mais vivre réclame de prendre des décisions. Descartes élabore donc une morale « provisoire »…à laquelle sa morale définitive ressemblera beaucoup. Cette démarche est très représentative du réalisme cartésien, mais la 3e partie n’en constitue pas moins une rupture dans l’exposé de l’objet essentiel du Discours de la méthode : la recherche d’un critère du vrai « pour bien conduire sa raison et chercher la vérité dans les sciences ».
       Cette troisième partie n’offre pas de particulière difficulté de lecture.