« Mais je ne connais pas encore assez clairement quel je suis, moi qui suis certain que je suis » : Descartes cherche à savoir clairement ce qu’il est ; certes ! .Mais surtout il cherche à établir qu’il existe quelque chose en dehors du «je pense» car, à  la manière dont il a conduit sa démarche, on peut s’interroger sur l’existence de toute autre réalité, puisqu’il les a toutes mises en doute. Une seule solution possible : examiner le «je pense» pour voir s’il n’y aurait pas quelque idée dont le «je pense» ne pourrait pas être l’auteur et, par conséquent aurait une origine étrangère au «je pense» ; ainsi sortirait-il de la solitude du «je pense» .

       Parmi ses idées il en distingue de trois sortes :
1) celles qui se présentent comme ayant leur origine extérieurement au «je pense »
2) les idées innées
3) l’idée de Dieu
 
       Les idées de la première sorte ne résistent pas à l’argument du rêve ou à celui du malin génie, y compris d’ailleurs l’idée de mon propre corps : « Je me considérais premièrement comme ayant un visage, des mains des bras (…). Maintenant que je suppose qu’il y a un certain génie qui est extrêmement puissant (…) qui emploie toutes ses forces (…) à me tromper, puis-je assurer que j’ai la moindre chose de toutes celles que j’ai dites naguère appartenir à la nature du corps ? Je m’arrête à y penser avec attention, je passe et repasse toutes ces choses en mon esprit, et je n’en rencontre aucune que je puisse dire être en moi ».                                                                  Ainsi l’examen des idées que nous nous faisons de notre propre corps, paradoxalement, révèle une rupture entre le corps et le «je pense», rupture que la réflexion de Descartes ne fait qu’accentuer : « mais s’il est vrai que je n’ai point de corps, il est vrai aussi que je ne puis ni marcher, ni me nourrir » cependant j’ai l’idée que je marche c’est pourquoi Descartes  dit qu’elles sont «en  moi » et les range dans «les attributs de l’âme »… au moins temporairement (c’est à la 6ème Méditation qu’il précise leur véritable statut) ; ainsi un attribut de l’âme «est de sentir ; mais on ne peut sentir sans le corps, outre que j’ai pensé sentir autrefois plusieurs choses pendant le sommeil que j’ai reconnues à mon réveil n’avoir point en effet senties. Un autre attribut est de penser et je trouve ici que la pensée est un attribut qui m’appartient, elle seule ne peut être détachée de moi. Je suis, j’existe, cela est certain ; mais combien de temps ? Autant de temps que je pense ; car peut-être même qu’il se pourrait faire si je cessais totalement de penser, que je cesserai en même temps tout à fait d’être ». C’est bien en effet le critère de la mort qui est en usage actuellement en chirurgie où la question se pose, en certains cas, de la différence entre la mort et le coma.

       Les idées innées sont celles qui ne prétendent pas représenter des choses extérieures à moi ; il y a implicitement fait allusion dans la première Méditation en se référant aux mathématiques, sciences qui ne se mettent guère en peine de savoir si les choses dont elles traitent «sont dans la nature ou si elles n’y sont pas ». Sans qu’il en parle explicitement dans la deuxième Méditation, il en introduit l’idée avec le texte dit «du morceau de cire ». Dans la troisième il les désigne clairement
« entre ces idées, les unes me semblent être nées avec moi, les autres être étrangères et venir de dehors et les autres être faites et inventées par moi-même » ; ces dernières, dont nous n’avons pas parlé, sont dites «factices »  ou composites : elles sont créées par l’imagination à partir de celles qui  «semblent venir de choses  extérieures », comme par exemple l’idée de centaure. Du point de vue de leur origine, ces idées factices seraient donc plutôt à rattacher aux premières
  
       Le texte du «morceau de cire » qui termine la 2ème Méditation se présente comme un effort pédagogique par rapport à soi-même : « Mais néanmoins il me semble encore (…) que les choses corporelles dont les images se forment par la pensée, qui tombent sous les sens, et que les sens examinent » sont «plus distinctement connues que cette je ne sais quelle partie de moi-même qui ne tombe point sous l’imagination (…). Mais je vois bien ce que c’est : mon esprit est un vagabond qui se plait à s’égarer et ne saurait encore souffrir qu’on le retienne dans les justes limites de la vérité. Lâchons lui donc encore une fois la bride (…) afin que venant à la retirer doucement et à propos (…) il se laisse après cela plus facilement régler et conduire ». L’exemple de la cire est magnifiquement choisi : « Il vient tout fraîchement d’être tiré de la ruche (…). Mais pendant que je parle on l’approche du feu (…) », toutes les qualités que mes sens y percevaient changent. « La même cire demeure-t-elle après ce changement ? (…) personne n’en doute » : ainsi cela montre bien que j’ai en moi une idée de l’objet (idée de substance) identique à travers ses changements, idée qui ne peut me venir de la perception puisque toutes les données sensibles ont changé (voyez le texte). Loin que l’idée de la cire me vienne des perceptions que j’en aie, ces perceptions n’ont de valeur que par le fait que je peux les rattacher entre elles grâce à cette idée de substance que j’ai en moi de manière innée (c’est elle que j’expérimente en quelque sorte dans le «je pense donc je suis » : mes pensées sont très diverses mais il y a en quelque sorte sous leur flux l’unité d’un «je pense» qui est moi). Dira-t-on que Descartes a choisi un exemple exceptionnel, très favorable à sa démonstration ? Sans doute mais la cire était à l’époque un objet d’usage courant que l’écrivain trouvait sur sa table pour cacheter ses lettres !              
 
        C’est dans la 3ème Méditation que Descartes traite de l’idée de Dieu, mais en cadrant préalablement la question de la nature et de l’origine des idées :
« Entre mes pensées, quelques unes sont comme les images des choses (…) Ainsi il ne reste plus que les seuls jugements dans lesquels je dois prendre garde soigneusement de ne me point tromper. Or la principale erreur et la plus ordinaire qui s’y puisse rencontrer, consiste en ce que je juge que les idées qui sont en moi sont semblables ou conformes à des choses qui sont hors de moi » ; mais les idées «si on les considère seulement en elles-mêmes et qu’on ne les rapporte point à autre chose, ne peuvent à proprement parler être fausses » ; ce sont des «modes » ou manières d’être du moi (exemples : craintes, volontés, désirs, négations ou affirmations, ils  peuvent être non fondés mais il n’en est pas moins vrai qu’ils sont).
       
       L’objet de la 3ème Méditations est bien de chercher l’origine des idées à fin de voir s’il n’y en aurait pas quelqu’une dont le «je pense» ne pourrait pas être cause : C'est en effet le seul moyen  de sortir de la solitude du «je pense ». «Mais il se présente encore une autre voie pour rechercher si, entre les choses dont j’ai en moi les idées, il y en a quelques unes qui existent hors de moi ». Idées des choses du monde extérieures, idées factices, idées innées ne sont pas telles, dans leur réalité, que je n’aie pu les produire moi-même (je le fais, quand je rêve, pour les idées des choses extérieures), «ill ne reste que la seule idée de Dieu dans laquelle il faut considérer s’il y a quelque chose qui n’ait pu venir de moi-même », car moi qui suis imparfait comment ai-je pu produire l’idée d’un être parfait ?
       Il voit bien qu’on peut lui objecter que c’est en niant l’idée de sa propre imperfection qu’il a formé l’idée d’un être parfait : elle résulterait d’un processus logique. Mais, comme le remarque Alquié, Descartes  ne se situe pas alors dans un processus logique (qui se heurterait d’ailleurs à l’hypothèse du dieu trompeur) ; il se situe dans un processus ontologique : je me sens imparfait parce que j’ai en moi l’idée d’un être parfait ; cette idée est mise en moi par Dieu «comme la marque de l’ouvrier sur son ouvrage » : l’idée de mon imperfection est seconde par rapport à l’idée de parfait ou plutôt, elle est la forme que revêt l’idée de parfait dans le «je pense ». On a pu ricaner d’un tel argument, mais n’y a-t-il pas quelque chose de semblable dans l’idée de sublime chez Rousseau et même chez le philosophe allemand Kant, quand bien même on serait d’accord avec lui pour penser que l’existence de Dieu ne peut se démontrer ?


       Cette manière de raisonner qui permet de passer de l’essence, c'est-à-dire pour nous de la définition, à l’existence déconcerte l’homme moderne : c’est que pour Descartes et ses contemporains l’essence n’est pas une simple définition : chez Aristote, fondateur à la fois de la classification en science naturelle et de la logique formelle, les essences renvoient à la notion d’une échelle des êtres, c'est-à-dire, en fait à une hiérarchie. On est donc sur un plan ontologique celui de l’être, pas celui de la logique formelle.

       Certains, les marxistes généralement, ont prétendu que Descartes n’avait éprouvé le besoin de prouver l’existence de Dieu que pour prendre ses précautions vis-à-vis de l’Eglise : interprétation erronée ; comme l’a montré Martial Guéroult dans son étude «descartes selon l’ordre des raisons », la preuve de l’existence de Dieu dans la 3ème Méditation est la clé de voûte de l’ensemble : elle démontre l’existence d’un être parfait, donc non trompeur car, écrit Descartes, c’est une marque de faiblesse ou de méchanceté que de vouloir tromper : ainsi la démonstration de l’existence de Dieu garantit notre confiance dans l’évidence. Et nous avons vu que c’était bien la question non résolue dans le Discours de la Méthode où l’évidence sert de garantie du vrai avant d’être elle-même garantie. Mais si Dieu n’est pas trompeur, comment se fait-il qu’il permette que je me trompe ? Il est dans «l'ordre des raisons » remarque Guéroult que Descartes traite cette question de l’erreur dans la 4ème Méditation : de sorte que Descartes va traiter «du vrai et du faux » avant d’avoir prouvé que le monde extérieur, dont il a mis l’existence en doute, existe véritablement. Cette remarque nous laisse pressentir que la notion de vrai ne correspond pas à ce qu’on entend usuellement par-là.