La 4ème Méditation traite du vrai et du faux  alors que Descartes n’a pas éprouvé le besoin de démontrer l’existence du monde matériel, pourtant toujours sous le coup du doute. C’est que « selon l’ordre des raisons », il doit traiter de la question de l’erreur, comme l’a si bien vu Martial Guéroult : Dieu n’étant pas trompeur garantit notre confiance dans notre sentiment d’évidence, mais alors comment se fait-il qu’il permette que je me trompe quelques fois, ce qui devrait répugner à sa bonté ? C’est donc la possibilité de l’erreur qui maintenant doit être justifiée. Elle repose sur notre liberté et en témoigne : l’évidence est garantie de véracité lorsque ce sentiment accompagne une idée claire et distincte, mais si je donne mon assentiment à une idée que je ne perçois pas clairement et distinctement c’est alors que je puis me tromper ; ma liberté est de refuser cet assentiment et de suspendre mon jugement ou de juger avec « précipitation et prévention » (contrairement au 1er principe de la méthode).

       La perception explique la 6ème Méditation ne fournit pas d’idées claires et distinctes, mais obscures et confuses, qui s’avèrent souvent contradictoires : le feu me chauffe de près, me brûle de trop près ; c’est que les données des sens ont pour objet, non de me renseigner sur la vérité des choses, mais de ce qu’elles peuvent être utiles ou nuisibles pour mon corps. Elles me concernent en tant que composé d’âme et de corps tandis que la vérité est l’objet de la seule raison.

       Ainsi la vérité et l’erreur ne concernent que les essences des choses matérielles et il est significatif que dans la 5ème Méditation Descartes développe l’exemple des mathématiques qui « ne se mettent pas en peine de savoir si leur objet existe ou non dans la nature », comme il le remarque déjà dans la 1ère Méditation : En effet même si le géomètre dessine un triangle par exemple, il ne faut pas confondre le triangle dessiné avec l’essence du triangle puisque les droites mathématiques n’ont pas d’épaisseur ; le dessin ne sert qu’à fixer l’attention par l’imagination. Il en va de même pour toutes les réalités mathématiques, bien entendu : ce sont de pures essences c'est-à-dire des réalités purement intelligibles ; il s’agit « de certaines choses qui ne peuvent être estimées un pur néant, quoique peut être elles n’aient aucune existence hors de ma pensée, et qui ne sont pas feintes par moi, bien qu’il soit en ma liberté de les penser ou de ne les penser pas, mais qui ont leur vraies et immuables natures. Comme par exemple, lorsque j’imagine un triangle, encore qu’il n’y ait peut-être en aucun lieu du monde une telle figure », je suis bien obligé de reconnaître ses propriétés, par exemple que « le plus grand angle est soutenu par le plus grand coté ». C’est ce monde des essences créées éternellement par Dieu qui sont les vérités éternelles : purement intelligibles, elles ont été mises en œuvre par lui pour établir les lois de la physique. Aussi Descartes peut-il conclure la 5ème Méditation : «  ainsi je reconnais très clairement que la certitude et la vérité de toute science dépend de la seule connaissance du vrai Dieu…Et à présent que je le connais, j’ai le moyen d’acquérir une science parfaite touchant une infinité de choses, non seulement de celles qui sont en lui, mais aussi de celles qui appartiennent à la nature corporelle en tant qu’elle peut servir d’objet aux démonstrations des géomètres, lesquels n’ont point d’égard à son existence ». La philosophie de Descartes a donc ainsi justifié « la physique nouvelle » : La physique mathématique.